Das Programm merkt sich jeweils, in welcher Reihenfolge es Fenster öffnet. Da es weiss, welches Fenster aktiv und "zuvorderst" war, bevor es das momentan aktive Fenster geöffnet hat, kann es mit Hilfe der Funktion Vorheriges Fenster zu ersterem zurückgehen.
Diese Funktion ist z.B. nützlich für das Durchsehen von Listen: Hat man im Fenster "Listen verwalten" einen Namen angeklickt und ist auf dem Fenster "Name/Gruppe" gelandet, kann man mit Hilfe der erwähnten Funktion bequem wieder auf "Listen verwalten" zurück.
Die Funktion Nachfolgendes Fenster ist die Umkehrung hiervon: Man kehrt wieder zu dem Fenster zurück, das man mit "Vorheriges Fenster" verlassen hat. Die Funktion macht nur etwas, nachdem man in die Fensterreihenfolge selbst eingegriffen hat.
Die beiden Funktionen zum Verändern der Fensterreihenfolge stehen auch als Icons im Toolbar zur Verfügung, damit man sie möglichst bequem auslösen kann.
Die Funktion Alle Fenster schliessen ist nützlich, wenn man auf einen Schlag "aufräumen" und wieder von vorne beginnen will mit dem Öffnen von Fenstern.
Im Gegensatz zu manch anderem Windows-Programms sind die meisten Fenster in Kunigunde in ihrer Grösse veränderbar, und das Programm merkt sich Position und Grösse von Fenstern über Programmstarts hinweg. Das Programm merkt sich ebenfalls, welche Fenster zum Zeitpunkt des Beendens offen sind und öffnet diese Fenster beim nächsten Programmstart automatisch wieder.